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只花很少的钱也能做单细胞转录组分析了!

发表时间:2018-03-19

深圳子科生物(https://show.guidechem.com/zikerbio/)报道:基于分割池连接的转录组测序(Split Pool Ligation-based Transcriptome sequencing,SPLiT-seq)是一种可用于表征单细胞RNA的扩展技术,可用于识别组织内各种细胞类型。

“理解任何多细胞生命系统的前提是理解‘细胞’,” Allen研究所科学家Bosiljka Tasic说。“大脑富含许多不同形状和尺寸的细胞,对此我们缺乏通用的细胞描述和分类方法。表征单细胞RNA是公认的细胞分类方法之一,但它非常昂贵,而且需要专业设备。与现行方法不同,SPLiT-seq平台依托于任何实验室都有的基本设备,它将促进单细胞转录组学标准化,并将其真正的发扬光大。”

Bosiljka Tasic

早期开发的测序技术要求所有细胞必须在RNA标记之前就被分离开来。使用SPLiT-seq,细胞无需预先分离,细胞本身被视为RNA的天然隔离室。池中细胞被分割成多个小组,在那里RNA被贴上遗传条码。多次重复这个过程,直至每个细胞的RNA都被打上独特的组合条码,从而可同时对许多细胞的基因表达进行分类,将细胞分为不同类型。

“在这篇文章中,我们用SPLiT-seq分析了超过150,000个发育中的小鼠脑细胞,为特定细胞类型定义了很多新分子标志物,”华盛顿大学计算机科学与工程学院的合成生物学家Georg Seelig说。“每个细胞的花费仅为1分钱(人民币约6分钱),大大降低了实验室准备进行单细胞分析的成本门槛。”

“包括阿尔兹海默症和帕金斯在内,很多疾病研究都依赖人们对某些特定细胞类型的解读,”Tasic说。“深度了解哪些细胞哪里出了差错,将有利于理解功能障碍和疾病治疗。”


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