大规模癌症图谱之一：胃肠道腺癌的分子特征

深圳子科生物（https://show.guidechem.com/zikerbio/）报道：癌症基因组图谱（TCGA）计划于2005年提出，旨在通过基因组学分析技术，将人类全部癌症的基因组变异图谱绘制出来，从而更好地了解癌症发生和发展的机制。过去几年，TCGA发表了大量的研究成果。

泛癌症图谱（Pan-Cancer Atlas）作为TCGA的收官项目，其目标是整合出不同肿瘤的TCGA数据，然后对这些数据进行分析和解释。如今，第一批的结果已经出炉。研究人员将在细胞出版社（Cell Press）旗下杂志上发表25篇论文。

经过美国国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）之间多年的通力合作，TCGA目前已经绘制了33种癌症的基因组变异图谱。

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第一篇题为“Comparative molecular analysis of gastrointestinal adenocarcinomas”的论文发表在《Cancer Cell》杂志上。研究人员详细分析了971例食管、胃、结肠和直肠腺癌，以确定胃肠道腺癌（GIAC）的分子特征。

此研究的通讯作者包括系统生物学研究所的资深科学家Vésteinn Thorsson、范安德尔研究所的表观遗传学教授Peter Laird以及哈佛医学院的副教授Adam Bass。

正如文章所述，研究人员利用多种方法来鉴定新鲜、冷冻的组织样本，包括SNP芯片分析、全外显子组测序、DNA甲基化芯片分析、mRNA测序和microRNA测序。对于数量有限的样本，他们还采用了反相蛋白芯片分析。

他们的目标是找到一些分子特征，能够区分胃肠道腺癌和其他癌症，并深入了解这些恶性肿瘤的发病机制。他们将GIAC分为五种亚型：EB病毒负荷高（EBV）、微卫星不稳定（MSI）、染色体不稳定（CIN）、基因组稳定（GS），以及高突变的单核苷酸变异（HM-SNV）。

研究人员发现，HM-SNV肿瘤有着不同的免疫特征，具体取决于组织来源和分子亚型，对靶向免疫治疗有影响。染色体不稳定的上消化道肿瘤有着更多片段化的拷贝数改变。同时，基因组稳定的结肠直肠癌亚型在SOX9和PCBP1基因中富含突变。

作者认为，这些结果强调了DNA超甲基化和染色体不稳定性等过程以不同方式在各种组织中表现出来，同时也突出了在研究和治疗癌症时必须考虑分子亚型和器官来源。（生物通 薄荷）

原文检索

Comparative Molecular Analysis of Gastrointestinal Adenocarcinomas
DOI: https://doi.org/10.1016/j.ccell.2018.03.010